MODERN

MODERN : Modélisation de la coopération entre sites de fixation des microARN

Les microARN (miARN) sont de petits ARN non codants qui s'associent aux protéines Argonaute (AGO) afin de réprimer l'expression des gènes en se fixant principalement sur les régions 3′ non traduites (3′UTR) des ARNm cibles. Un même ARNm peut contenir plusieurs sites de liaison pour un ou plusieurs miARN. Lorsque ces sites sont suffisamment proches, leurs effets répressifs peuvent se renforcer mutuellement, selon un mécanisme de coopération fonctionnelle encore mal caractérisé à l'échelle du transcriptome.

L'équipe a récemment développé le pipeline optiCLIP (Serra et al., 2021, Nucleic Acids Research), validé à partir de données AGO CLIP-seq et transcriptomiques, afin de mieux caractériser les déterminants biochimiques de la répression médiée par les miARN. Elle dispose désormais d'un jeu de données AGO CLIP-seq spécifique de miR-21 dans des hépatocytes humains, obtenu dans des conditions contrôle et de knock-down, et couplé à des données RNA-seq permettant d'évaluer la répression des ARNm cibles.

À partir de ces données CLIP-seq et RNA-seq, l'équipe a également développé miRsyn, une méthode computationnelle fondée sur l'apprentissage automatique. miRsyn permet d'identifier les sites de liaison susceptibles d'agir en synergie et d'établir une classification fonctionnelle de ces sites en fonction de leur contribution à la répression des ARNm cibles.

Le projet MODERN vise à intégrer optiCLIP et miRsyn au sein d'un pipeline unique et automatisé, afin de proposer à la communauté scientifique une méthode complète pour l'identification, la caractérisation biochimique et l'évaluation fonctionnelle des sites de liaison des miARN.