Anciens Membres de la MSI

Titulaire d’un master en physique, Silvia a obtenu son doctorat en bio-informatique à l’Université de Sienne (Italie) en 2014. Lors de son doctorat, elle a développé des pipelines informatiques dédiés à l’étude du transcriptome bactérien à partir des résultats d’expériences de puces à haute densité. D’octobre 2014 à décembre 2018, elle a été chercheuse en post-doctorat au Centre Méditerranéen de Médecine Moléculaire (Inserm U1065) à Nice pour étudier la régulation de l'expression des gènes par les miARN. Ses recherches portent sur la caractérisation et le développement de nouvelles approches bio-informatiques pour identifier et découvrir les caractéristiques régissant le réseau d'interaction ARN-protéine dans des systèmes expérimentaux in vitro et in vivo. Ses principaux domaines d'expertise concernent l'analyse de données de séquençage à haut débit, y compris les technologies OMICS telles que RNA-seq, CLIP-seq, ChIP-seq et le développement de pipelines bioinformatiques.
De janvier 2019 à août 2023, Silvia a intégré la MSI en tant que responsable opérationnel de l’ancien Medical Data Lab, le centre d’expertise MSI qui était dédié aux données médicales.

Après avoir validé un master en mathématiques appliquées (M2 Modélisation Aléatoire, Université Paris Diderot) en 2014, Marco Corneli a obtenu son doctorat en statistiques à l'Université Paris 1 Panthéon-Sorbonne en 2017. Les travaux de sa thèse étaient centrés sur l'analyse de graphes aléatoires dynamiques, en termes de clustering des sommets et détection de ruptures multiples.

Ensuite, sa recherche post-doctorale au sein du Laboratoire J.A. Dieudonné portait sur la classification non supervisée de données mixtes telles que graphes, données ordinales, textes et images. Depuis 2017 il enseigne un cours sur l’inférence statistique dans le cadre du master Data Science d’Université Côte d'Azur. Auteur de plusieurs articles parus dans des revues scientifiques internationales, il a développé deux paquets R et contribué à la programmation d'un logiciel C++ pour le co-clustering de données mixtes, qui fait actuellement l'objet d'un dépôt de brevet.

De septembre 2019 à août 2022, Marco Corneli a intégré la MSI en tant qu'ingénieur et responsable opérationnel de l'ancien Digital Humanities Lab (DHLab), le centre d’expertise MSI qui était dédié aux applications du machine learning et de l'intelligence artificielle aux Humanités Numériques.

Titulaire d'une thèse de doctorat (« Retinal Waves: theory, numerics, experiments ») à Inria Sophia Antipolis Méditerranée et en collaboration avec l’Institut de la Vision (Paris), depuis novembre 2018 jusqu’à novembre 2019 Theodora Karvouniari a rejoint la MSI en tant que PostDoc, afin de mener à bien le projet 3DRNA, sous la supervision d’Elisabeth Pécou.

Djampa Kozlowski est titulaire d’un master et d’un Doctorat en bio-informatique d’Université Cote d’Azur. Ses travaux de thèse, réalisés au sein de l’INRAe, portent sur l’étude de ravageurs de cultures et de leur adaptabilité via l’analyse de de données multi-omiques. Djampa réalise ensuite un cours post doctorat portant sur des thématiques similaires avant de se former à l’Intelligence Artificielle. Djampa est spécialisé dans le traitement informatique de données multi-omiques et l’évolution moléculaire.

De novembre 2021 à octobre 2023, Djampa a intégré la MSI en tant qu’“Ingénieur opérationnel en intégration de données multi-omiques et intelligence Artificielle” dans le cadre d’un projet bilatéral entre Université Cote d’Azur et l’INRAe. Ce projet vise, via l’utilisation de méthodes issues de l’Intelligence Artificielle, à étudier des interactions entre organismes dans le cadre de la santé des plantes.

L'expertise scientifique du Dr Lesage réside dans l'analyse expérimentale et computationnelle des systèmes d'énergie thermique. Depuis sa maîtrise en mathématiques de l'Université de Montréal et son doctorat en génie mécanique de l'Université McMaster, il a mené des groupes de recherche travaillant sur les problèmes de transfert de chaleur  liés aux besoins de conversion énergétique de l'industrie.

Le Dr Lesage a de l'expérience en tant que professeur adjoint à l'Université McMaster et en tant que professeur agrégé à l'Université du Québec.

Au sein de la MSI (juillet 2017 - juillet 2018), il a travaillé sur l'analyse de l'effet photoélectrique surchauffé, la modélisation des systèmes de transport d'énergie pour les échangeurs de chaleur multiphasés, l'optimisation de la conversion de l'énergie solaire thermique, la modélisation des générateurs thermoélectriques liquide-liquide et la mesure précise de diffusivité thermique dans les matériaux de construction.

Jean-Noël Mattei est titulaire d’un master 2 en Ingénierie Mathématique (M2IM), option Modélisation Stochastique et Statistique d’Université Côte d'Azur. D’octobre 2019 à juillet 2022 il a intégré la MSI en appui au Digital Humanities Lab (DHLab) et notamment au projet Regional expertise alignment and firm performance.

Ryan McMinds a obtenu son doctorat en microbiologie en 2018 à l'Oregon State University. Sa recherche doctorale portait sur la distribution des symbiotes microbiens dans les coraux scléractiniaires et il a participé au Global Coral Microbiome Project et à l'expédition Tara Pacific. Il possède de l'expérience en taxonomie corallienne, en séquençage génétique à haut débit, en phylogénétique, en analyse de données communautaires et en modélisation bayésienne.

De Février 2019 à Septembre 2020, Ryan McMinds a intégré la MSI en tant qu’Ingénieur expert dans le traitement de données massives pour soutenir le projet "Processing and analysis of the complex datasets from the the TaraPacific expedition", porté par l’IRCAN (campus Pasteur) au sein de l‘expédition Tara-Pacific et dans sa collaboration avec la fondation Tara.

Pour plus d'informations, cf. : Ryan McMinds, un ingénieur MSI au service de la mission Tara-Pacific.

Etudiant à l’origine les propriétés topologiques de systèmes dynamiques en basses dimensions, elle a consacré ses recherches depuis une quinzaine d’années à la modélisation et la simulation en biologie, principalement pour la compréhension des dynamiques de régulation aux niveaux intra et inter cellulaires et les mécanismes de dysfonctionnement liés à des pathologies.

Depuis 2006 elle est Professeur à l’Université de Nice Sophia Antipolis, désormais Université Côte d'Azur.

Pendant 8 ans elle a fait l’expérience de la recherche dans un contexte industriel, d’abord dans une start-up (SOBIOS) puis dans une société internationale éditrice de logiciels (Dassault Systèmes) en dirigeant une équipe de recherche dédiées au développement de méthodes et algorithmes pour la modélisation et la simulation pour les industries du vivant.

Depuis Avril 2018, elle a repris son poste de Professeur.

Titulaire d'un Master en Bioinformatique d'Université Côte d'Azur, obtenu en 2017, David Pratella a été recruté en tant qu'ingénieur bioinformaticien au sein de la MSI afin d'optimiser et de mettre en place de nouveaux pipelines d'analyse dans le cadre de l'étude de données NGS.

Titulaire d'un Master en Économétrie Statistiques parcours Techniques d'Information et de Décision dans l'Entreprise (TIDE) obtenu à l'Université Panthéon-Sorbonne (Paris 1) en 2018, Fanny Simões a été recrutée en tant qu'ingénieure biostatisticienne de la MSI afin d’étudier le lien entre l'exposition aux polluants atmosphériques et la fréquence des dyspnées d'origine cardiaque dans la Région SUD - Provence-Alpes-Côte-d'Azur, à travers la réconciliation d'une base "patients" et d'une base de polluants atmosphériques.