ABBA

ABBA+BraiAn: enhanced whole-brain histological mapping

En neurosciences, la microscopie est essentielle pour comprendre l’architecture et le fonctionnement du cerveau. Traditionnellement réalisée principalement sur des modèles animaux, mais également sur des tissus humains post-mortem, cette approche consiste à sectionner le cerveau en fines coupes, puis à les imager à haute résolution. Grâce à l’avènement récent de nouvelles technologies d’imagerie, il est désormais possible de passer de l’analyse de coupes individuelles à l’étude de cerveaux entiers. Bien que cette avancée constitue une rupture majeure, elle soulève également de nouveaux défis en matière d’analyse d’images, qui nécessitent le recours à l’automatisation.

Premièrement, il est nécessaire de disposer de méthodes automatisées permettant de localiser et d’identifier l’ensemble des régions cérébrales dans de vastes jeux de données de microscopie, un défi généralement abordé par l’enregistrement des images sur un atlas cérébral. Deuxièmement, il est nécessaire d’automatiser l’analyse quantitative des signaux d’intérêt.

En tant que laboratoire de neurosciences expérimentales, nous avons été directement confrontés à ces problématiques et avons identifié une lacune importante dans les solutions actuellement disponibles. En étudiant les besoins de la communauté scientifique, nous avons constaté que cette problématique était partagée par des milliers de chercheurs à travers le monde.

Pour répondre à ce besoin, nous avons collaboré avec l’EPFL afin de développer ABBA+BraiAn, une suite logicielle unifiée couvrant l’ensemble des étapes de l’analyse histologique à l’échelle du cerveau entier, depuis l’enregistrement des images sur un atlas 3D à partir de coupes 2D jusqu’à la quantification des signaux, l’analyse des données et leur visualisation.

Dans sa version actuelle, ABBA+BraiAn offre une solution robuste, polyvalente et facile à utiliser pour l’analyse du cerveau entier, qui est aujourd’hui largement adoptée par la communauté des neurosciences. Avec le soutien de la MSI, nous pourrons renforcer davantage la robustesse et l’accessibilité d’ABBA+BraiAn, afin d’en faire un outil encore plus utile et accessible aux chercheurs du monde entier.